生物工程学科始建于2000年，2000年批准成立生物工程本科专业，2003年批准生物化工硕士点，2011年批准生物工程工程专业学位授权点，2012年批准生物化工博士点，2019年原生物工程专业学位点归类为生物与医药工程领域硕士点。
生物工程专业以化学工程与工艺为依托，根据中国矿业大学 “强工、厚理、兴文、拓医、育新”未来学科发展布局，2019年与中国矿业大学附属医院（徐州市第一人民院）签订全面战略合作协议，2020版大纲增设生物与医药课程组，在生物与医药方向进行了人才合作培养，突出生物医药特色。本专业培养掌握现代化学、生物学、生物工程学，药学等基础理论知识和基本技能，综合素质高、有创新精神，能在生物工程与生物技术领域从事研究开发、工程设计的高级复合型人才。近五年，毕业生升学出国率约为40%，大多被中国科学技术大学、浙江大学、厦门大学、中国科学院大学、复旦大学、上海交通大学、四川大学、山东大学、南京大学等高校和科研院所录取。毕业生就业升学率98%以上，主要面向长三角、珠三角和环渤海经济区的生物制药、生物诊断试剂，轻工食品等领域。
本学科拥有一支结构合理、专心从教的高水平师资队伍，现有专任教师14人，其中：教授3人，副教授7人，硕士生导师12人，专任教师年龄结构：36~45岁教师占64%，45岁及以上老师占比36%，具有博士学位的教师占比86%，具有海外研修经历占43%，专业教师队伍中9人次获校百佳教师，3人次获校最受学生欢迎教师，1人入选江苏省特聘教授，1人入选江苏省科技镇长团，1人为江苏省微生物学会理事，1人入选校级青年骨干教师，研究生导师队伍中有江苏省333人才工程2人，江苏省六大人才高峰1人，江苏省突出贡献中青年专家1人，全国五一劳动奖章获得者1人。
本学科教师近5年先后参与承担了国家级、省部级等各级科研项目40 余项，此外，还承担了企业委托的技术开发项目20多项，获得省部级以上奖励多项，发表学术论文150 多篇，其中60余篇次被SCI、EI收录，授权发明专利20余项。近5年本科生申请国家级大学生创新训练项目5项，省级和校级创新训练项目30余项，获全国大学生生命科学创新创业大赛一等奖1项，全国生命科学竞赛三等奖2项，发表学术论文12篇。
本专业杰出代表性校友有：
杨光，2004年毕业，东华大学生物工程系副教授
王干，2005年毕业，中国人民解放军国防科学技术大学理学院生物学系副教授
开雷，2005年毕业，德国马克斯·普朗克生物化学研究所研究员，江苏省特聘教授，
陈亭，2005年毕业，苏州康宁杰瑞生物科技有限公司资深研究员
戴浩， 2006年毕业，江苏省盱眙县环保局副局长
廖金宝 2008年毕业，江西师范大学教授，第十四批国家青年千人计划入选者
李薇，2010年毕业，江苏洋河股份有限公司，国家一级品酒师，全国人大代表
